Директор Национального исследовательского центра «Курчатовский институт».
Выпускник физического факультета Ленинградского государственного университета (1970), доктор физико-математических наук (1988), профессор (1998), член-корреспондент РАН (2000).
Исследования М.В. Ковальчука заложили основу принципиально нового метода изучения структуры вещества, основанного на сочетании возможностей рентгеновской дифракции и спектроскопии — «метода стоячих рентгеновских волн», имеющего важное практическое значение для исследования наносистем. М.В. Ковальчук — ведущий ученый в области рентгеновской физики, кристаллографии и нанодиагностки, один из идеологов и организаторов развития нанотехнологий в России.
С 1998 по 2013 год — директор Института кристаллографии имени А. В. Шубникова.
В 1999 г. М.В.Ковальчук назначен директором «Курчатовского центра синхротронных исследований». Под его руководством введен в эксплуатацию первый и единственный в России специализированный Курчатовский источник синхротронного излучения и создано новое поколение прецизионного рентгеновского оборудования мирового класса. Работы М.В. Ковальчука с использованием синхротронного излучения послужили фундаментом для превращения рентгеновских методов в инструмент для изучения структуры поверхности, тонких слоев и определения положения отдельных атомов.
Междисциплинарные исследования, начатые М.В. Ковальчуком в Институте кристаллографии РАН и продолженные в Курчатовском институте, вышли на новый уровень с развитием принципиально нового научного направления — конвергенции нано-био-инфо-когнитивных и социогуманитарных (НБИКС) наук и технологий. М.В. Ковальчук сформировал стратегию развития в России этого нового прорывного направления и создал в 2009 году не имеющий мировых аналогов Курчатовский НБИКС-центр где под его научным руководством развиваются исследования,направленные на конвергенции современных технологий с «конструкциями» живой природы.
По инициативе и при непосредственном участии М.В. Ковальчука в Курчатовском институте была сформирована научная программа, ориентированная, прежде всего, на проведение междисциплинарных научных исследований на крупных исследовательских комплексах (мегаустановках). Реализация этой программы позволила развернуть на качественно новом уровне работы практически по всем направлениям современной науки: от энергетики, конвергентных технологий и физики элементарных частиц до высокотехнологичной медицины, биологии и информационных технологий.
М.В. Ковальчук — руководитель межведомственной рабочей группы по направлению «Приоритетные и междисциплинарные научные исследования» при Совете при Президенте РФ по науке и образованию; председатель комиссии по науке и инновациям Общественной палаты РФ.
Также Михаил Валентинович является научным руководителем факультета нано-, био-, информационных и когнитивных технологий МФТИ; деканом физического факультета СПБГУ, заведующим кафедрой «Физика наносистем» физического факультета МГУ имени М.В. Ломоносова и кафедрой «Нейтронной и синхротронной физики» СПбГУ; главным редактором журнала «Кристаллография» РАН
М.В. Ковальчук состоит в международном управляющем комитете глобального научного проекта XFEL.
М.В. Ковальчук — многолетний автор и ведущий научно-популярной телепрограммы «Истории из будущего с Михаилом Ковальчуком».